プロフィール
Profile
Undergraduate Student
細井 克馬 Katsuma Hosoi
学部生(B3) / 修士(理学)
専門・関心
デジタルパソロジー /
RNAゲノム解析 / 医療AI応用
ひとこと
病理画像とオミクス情報をつなぐ解析基盤づくりに取り組んでいます。
保有・使用技術
Python
R
C/C++
Perl
Bulk RNA-seq
Single-cell RNA-seq
Spatial transcriptome
NGS解析
Seurat
Docker
Git/GitHub
Linux
ImageProcessing
マイコン
統計
電気
保有技術概要
Skills
ゲノム解析
AI技術活用
保有技術
Technical SkillsBulk RNA-seq
相関マップ
クラスタリング表示
PCA
クラスタリングヒートマップ
エンリッチメント解析
エンリッチメントマップ
single-cell RNA-seq
クラスタリング条件検討
クラスタごとの遺伝子発現量分布
遺伝子発現量マッピング
推定コピー数解析
Trajectory解析（monocle3）
Pseudotime解析（monocle3）
Spatial RNA-seq
ある程度の解析が可能です。例えば、クラスタリング・セルアノテーションにより注目したい細胞のみを選別し、 擬時間解析によって細胞分化の様子を可視化できます。
ゲノム解析
クオリティチェック
SNV / short indelの検出
コピー数解析
その他
統計処理
Rを用いた一般的な統計処理が可能です。
統計検定1級 統計応用（理工学）合格 成績優秀賞、統計検定2級 合格 成績優秀賞、数学検定1級 合格。
※統計検定1級 統計数理は未保有です。
電子工作
マイクロコンピュータ（マイコン）を用いた電子機器開発。例：ローラー回転数の測定装置を実務で製作・使用。
スマホから遠隔制御可能な情報表示機器（試作中）
論文
PublicationsIdentification of the binding site and immunoreactivity of anti-Aβ antibody 11A1: Comparison with the toxic conformation-specific TxCo-1 antibody
Rara Fukui, Uswah Hafizal, Yusuke Kageyama, Yumi Irie, Yuka Matsushima, Katsuma Hosoi, Takahisa Nakayama, Daita Kaneda, Yoshio Hashizume, Kunio Miki, Akiko Kita, Ken-ichi Mukaisho, Ryoji Kushima, Ikuo Tooyama, Kazuhiro Irie
Biochem. Bioph. Res. Commun., 2025, doi: 10.1016/j.bbrc.2025.151655
Sizes of amyloid-β oligomers predicted using atomic force microscopy and two-point crosslinked dimers as standards.
Chikara Harada, Atsuya Matsui, Yumi Irie, Ayumi Uchino, Ayaka Chikugo, Kotaro Fujii, Katsuma Hosoi, Akio Nakanishi, Yusuke Kageyama, Nobuyasu Naruse, Chihiro Tsukano, Kazuhiro Irie and Yutaka Mera
Chem. Comm., 2025, doi: 10.1039/d5cc00856e
Acknowledgement
ホルマリンによる細胞診標本への影響と改善策についての検討-炭酸水素ナトリウム（NaHCO3）を使用した改善法（第一報）
谷村 満知子, 今村 眞治, 中村 広基, 山口 大, 岩井 宗男, 林 裕司, 池本 敏行
医学検査, 2025, doi: 10.14932/jamt.24-93