がん診療連携拠点病院とは、全国どこでも「質の高いがん医療」を提供することを目指して、都道府県知事による推薦のもとに、厚生労働大臣が指定した病院です。
本院は、平成22年4月1日に地域がん診療連携拠点病院の指定を受けました。その後、本院の有する高度ながん医療と充実した地域医療の支援体制を踏まえて、令和2年4月1日より、地域がん診療連携拠点病院（高度型）の指定を受けました。

本院は、滋賀県における特定機能病院かつ医育機関として、先進的ながん医療を提供するとともに、多彩ながん医療人材の育成を担っています。また、厚生労働省指定のがんゲノム医療拠点病院、小児がん連携病院、滋賀県指定のがん診療高度中核拠点病院、がん診療連携拠点病院として、滋賀県全医療圏域のがん医療の高度化を担っています。