沿革
| 1976年5月10日 | 附属病院創設準備室を設置 |
|---|---|
| 1978年4月1日 | 医学部に附属病院を設置（附属病院創設準備室廃止） |
| 1978年10月1日 | 医学部附属病院開院（320床） 医学部附属病院中央診療施設の設置 |
| 1978年10月4日 | 医学部附属病院外来診療開始 |
| 1978年10月11日 | 医学部附属病院入院患者受入開始 |
| 1980年1月9日 | 医学部附属病院の病床 120床増床（計 440床） |
| 1980年1月30日 | 高エネルギー治療施設竣工 |
| 1980年5月21日 | 医学部附属病院の病床 160床増床（計 600床） |
| 1990年6月8日 | 救急部の設置（省令化） |
| 1993年4月1日 | 集中治療部の設置（省令化） |
| 1994年4月1日 | ＭＣＣ（メディカルコーディネーションセンター）開設 |
| 1995年1月31日 | エイズ拠点病院に選定 |
| 1995年2月1日 | 特定機能病院として承認 |
| 1995年4月1日 | 院内学級（瀬田東小学校）開設 |
| 1996年4月1日 | 輸血部の設置（省令化） |
| 1997年4月1日 | 総合診療部の設置（省令化） |
| 1997年4月17日 | 外来ボランティア活動開始 |
| 1997年5月21日 | 無菌治療部の設置 |
| 1997年10月16日 | 臓器提供協力施設 |
| 1998年4月1日 | 継続看護室の設置 |
| 1999年4月1日 | 治験管理センターの設置 |
| 1999年9月1日 | 診療諸記録等開示の実施 |
| 1999年11月2日 | 滋賀医科大学衛星医療情報ネットワーク（ＭＩＮＣＳ）の開局 |
| 1999年12月15日 | ＩＶＭＲ棟施設竣工 |
| 2001年4月1日 | 医療情報部の設置（省令化） |
| 2002年4月1日 | 光学医療診療部の設置（省令化） |
| 2002年4月17日 | 医療安全管理部の設置 卒後臨床研修センターの設置 地域医療連携室の設置 |
| 2003年4月1日 | 医学部附属病院の病床が8床増床（計608床） |
| 2003年4月1日 | リハビリテーション部の設置（省令化） 病理部の設置（省令化） |
| 2004年2月16日 | 日本医療機能評価機構実施の病院機能評価認定取得 |
| 2004年4月1日 | 中央診療施設等及び特殊診療施設を改組し、中央診療部（15部）、医療安全管理部、地域医療連携部、医療研修部、卒後臨床研修センター及び治験管理センターに再編 救急・集中治療部の設置（救急部及び集中治療部の廃止） |
| 2004年8月1日 | 臨床工学部の設置 |
| 2005年4月1日 | 化学療法部の設置 |
| 2005年8月1日 | 栄養治療部の設置 |
| 2006年10月1日 | 産科婦人科を母子診療科、女性診療科の２つに分離 |
| 2007年4月1日 | 腫瘍センターの設置 |
| 2007年6月1日 | ペインクリニック科の設置 |
| 2008年4月1日 | リハビリテーション科の設置 |
| 2008年6月1日 | 感染制御部の設置 |
| 2008年7月1日 | 患者支援センターの設置 |
| 2009年4月1日 | 医師臨床教育センターの設置（卒後臨床研修センターの廃止） |
| 2009年10月20日 | 腫瘍内科の設置 |
| 2009年12月1日 | 看護臨床教育センターの設置 |
| 2010年3月1日 | 院内助産所の開設 |
| 2010年7月1日 | 医学部附属病院の病床が6床増床（計614床） |
| 2011年8月1日 | 化学療法部を廃止（腫瘍センターの部門とする） |
| 2011年10月1日 | 臨床研究開発センターの設置（治験管理センターの廃止） |
| 2012年4月1日 | 臨床遺伝相談科の設置 |
| 2012年4月1日 | 中央診療部、医療安全管理部等の各部を改組し、中央診療部門、中央手術部門、診療・教育・研究支援部門に再編 |
| 2012年4月1日 | 精神科神経科を精神科に名称変更 |
| 2014年3月31日 | ヘリポート竣工 |
| 2014年4月1日 | 院内学級（瀬田中学校）開設 |
| 2014年5月20日 | 病理診断科の設置 |
| 2014年9月1日 | 医学部附属病院の病床が2床減床（計612床） |
| 2015年10月1日 | 総合診療部・初期診療科の設置 |
| 2015年10月1日 | 医療安全管理部及び感染制御部を独立した部門として設置 |
| 2016年2月1日 | 特定行為研修推進室の設置 |
| 2016年4月1日 | 救急科の設置 |
| 2016年4月1日 | 総合周産期母子医療センターの設置（分娩部の廃止） |
| 2016年4月1日 | 再生医療室の設置 |
| 2016年10月1日 | 形成外科の設置 |
| 2017年4月1日 | 看護師特定行為研修センターの設置（特定行為研修推進室の廃止） |
| 2017年4月1日 | 診療の質管理室の設置 |
| 2018年8月1日 | 神経内科を脳神経内科に名称変更 |
| 2019年7月16日 | 診療の質管理室を高難度医療・未承認医薬品等管理室に名称変更 |
| 2021年5月1日 | 医学部附属病院の病床が9床減床（計603床） |
| 2021年5月1日 | 乳腺・一般外科を乳腺・小児・一般外科に名称変更 |
| 2021年5月1日 | 耳鼻咽喉科を耳鼻咽喉科・頭頸部外科に名称変更 |
| 2021年10月29日 | トリアージ棟竣工 |
| 2023年1月1日 | 輸血部を輸血・細胞治療部に名称変更 |
| 2023年6月1日 | 総合診療部・初期診療科を総合診療科に名称変更 |
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