滋賀医科大学血液内科は、日本血液学会認定研修施設、日本輸血学会認定研修施設であり、日本骨髄移植推進財団(骨髄バンク)認定非血縁者間骨髄移植施設ならびに骨髄採取施設です。
程原佳子講師(診療科長)、木藤克之助教(副科長)、奥野貴史助教、南口仁志助教(輸血部)と、医員(レジデント)2名の6名のスタッフで診療に当たっています。現消化器・血液内科(旧第2内科)は、広く全般的な内科知識と技術を持ちながら、より専門性を高めていくという「T字型医学教育」の信念に基づいており、全人的医療の実践に努めています。
平成20年6月に移転した新病棟では、3室の無菌管理個室(アイソレーター完備)と無菌治療部(造血幹細胞移植専用、2床)を併設しています。消化器内科と合同の病棟であり、専有病床が限られていますが、県下(公立甲賀病院、済生会滋賀県病院、彦根市立病院など)に日本血液学会専門医を配し、密接に連携して診療にあたっています。